La importància de bona part de les peces de la SAL en la història de l'art mallorquí va dur a la realització de diversos dipòsits en el Museu de Mallorca. Allà es poden veure contextualitzades pintures i escultures gòtiques de gran rellevància, així com peces arqueològiques i d'altres de diferents tècniques. Moltes d'elles foren recuperades per membres de la SAL que les van veure perillar, mentre que d'altres van ser dipositades a l'Arqueològica per particulars. Algunes de les que es poden veure al Museu són:
1 Verge amb l’Infant. Mestre d’Alaró. M.M. Inv. Gral. 4.083.
2 Crucifixió. Ramon Destorrents. M.M. Inv. Gral. 4.084.
3 Pare Etern. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.085
4 Daniel. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.086.
5 Daviu. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.087.
6 Elies. Anònim M.M. Inv. Gral. 4.088.
7 Enoch. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.089
8 Verge. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.090.
9 Sant Joaquim i Maria. Francesc Comes. M.M. Inv. Gral. 4.091.
10 Verge amb l’infant. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.092.
11 Sant Nicolau, St Antoni i Sta Clara. Mestre del Bisbe Galiana. M.M. Inv. Gral. 4.093.
12 Sant Jordi. Francesc Comes. M.M. Inv. Gral. 4.094.
13 Predel·la de Santa Úrsula. Mestre de Castellitx. M.M. Inv. Gral. 4.095.
14 Les tres generacions. Martí Torner o Pere Terrencs. M.M. Inv. Gral. 4.096.
15 Arcàngel Gabriel. Martí Torner. M.M. Inv. Gral. 4.097.
16 Sants Joans. Rafel Mòger. M.M. Inv. Gral. 4.098.
17 Bust d’un sant ignot. M.M. Inv. Gral. 4.099.
18 Mort d’un monjo. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.100
19 Santa Quitèria. Joan Loert. M.M. Inv. Gral. 4.102
20 Sant Marc. Anònim. M.M. Inv. Gral. 4.105.
21 St Bernat. Anònim. 153 x 225 cm. M.M. Inv. Gral. 4.111. Donació S. Coll (1886).
22 Anunciació. Francesc Comes. M.M. Inv. Gral. 4.112.
23 Díptic de les dues Veròniques, anomenat del rei Martí. Miquel d’Alcanyís.
24 Retaule de Santa Magdalena i Santa Llucia (6 fragments). Mestre dels privilegis.
25 Verge amb el nin. Anònim.
26 Apostolat. Urna de la dormició de Maria. Anònim (s. XVI).
27 Nostra dona del Roser. (S. XVI). Anònim
28 Miracle dels corporals de Daroca. (s. XVII-XVIII)
29 Apostolat. Mateu López ?
30 Llull predicant als musulmans. Predel·la del retaule de la Trinitat. Joan Desí (Ca. 1503) DA 1005/16/002
31 Velatori del cos de Sant Antoni. Predel·la del retaule de la Trinitat. Joan Desí (Ca. 1503) DA 1005/16/003.
1 1 Sant Nicolau (fusta policromada). M.M. Inv. Gral. 4.107.
2 Sant Antoni de Pàdua (talla en fusta). M.M. Inv. Gral. 4.108
3 Sepultura de Guillem Vilasclar. M.M. Inv. Gral. 4.109.
4 Sant Miquel arcángel (fusta policromada). M.M. Inv. Gral. 9.600.
5 Angel (fusta policromada).
6 Angel (fusta policromada).
7 Sant Jordi (alabastre).
8 Estatua funerària d’una abadesa. (Santa Margalida).
9 Testa femenina de marbre, procedent del monument a Isabel II.
10 Bocet de terracuita del monument a Ramon Llull. Guillem Galmés i Socies.
11 Mascaró de proa del vapor Lulio. Ricardo Anckerman (1870). DA2005/16/0070